A esta se accede desde una puerta adintelada sobre la que cuelga un cuadro tenebrista de San Gerónimo obra de Simón Pitti en el siglo XVII.
La historia de esta capilla es muy larga. En principio recordar que inicialmente estubo ubicada en el actual zaguán de la fachada de las cadenas bajo la advocación de San Gerónimo, advocación que actualmente hoy conserva. Fue hacia 1567 cuando se decide trasladarla a su actual ubicación ya que la antigua capilla se quedaba pequeña. De esta segunda capilla no se conserva nada más que la sacristía, pero sabemos que el mismo edificio albergaba la capilla en la planta baja y la biblioteca o librería en la alta. La obra de este nuevo edificio se incia hacia 1474 teniendo como maestros a los moriscos Alí Yusuf y Abrayme los cuales debía de gozar de gran prestigio ya que estaban haciendo una de las obras más importantes de la instución académica más importante de la España del momento. Hacia 1479 la obra estaba finalizada y en 1494-1496 sabemos que estaba en uso gracias a las descripciones de Jerónimo Münzer y del siciliano Lucio Marineo Sículo. Por esas fechas este edificio debía ser el más destacado del conjunto universitario ya que el resto de dependencias sólo eran de planta baja. Esta primitiva librería estaba rematada con las conocidas pinturas de Fernando Gallego de la bóveda celeste más conocidas como Cielo de Salamanca, de las cuales ya hemos hablado, y que describió el viajero alemán Jerónimo Münzer en 1494 de la siguiente manera: "tiene amplia biblioteca bovedada, en cuya partemás alta vense unas pinturas que presentan los signos del zodiaco y los emblemas de las artes liberales". La ubicación de la biblioteca en la parte alta era algo usual en Europa para prevenir las humedades de las plantas bajas y a la vez buscar buena iluminación.
De la segunda capilla conocemos que estaba encalada y cubierta por artesones dorados según Marineo, pero tambien conocemos que era un lugar al que se le daban diferentes utilidades, además de la propia de celebrar lo oficios religiosos, ya que sabemos que a finales del XV en ella se celebraban juntas o reuniones de rectores o que en ella se guardaba le dinero de la Universidad. Pero a pesar de la novedad de esta capilla en 1506 vuelve a sufrir otro cambio. En este caso se dotó a la misma de un nuevo retablo dorado por Juan Dopré o de Yplé que contenía esculturas de Felipe Bigarny y pinturas de Juan de Flandes que se conserva en el actual museo universitario. Este retablo supuso que se eliminara el artesonado que servía de techo de la iglesia y suelo de la librería y de esta manera la capilla ganó en altura, pero también supuso que las pinturas del zodiaco se incorporaran a la iglesia, Pedro de Medina describió la capilla en 1543 cubierta con la astrología del cielo. El mismo Pedro de Medina nos describe otro de los elementos más importantes de la capilla, el reloj, diciendo que tenía una gran campana sobre la que iba un hombre de raza negra que daba las horas; asimismo había dos carneros que daban las medias horas; una viergen bajo la que iban los ters Reyes Magos y dós ángeles que se inclinaban ante la Virgen cuando el reloj marcaba las nueve de la mañana; aparte había una luna que crecía y menguaba siguiendo las horas del día. Este reloj fue hecho en Ávila en 1503 por el relojero fray Francisco de Salamanca. De esta segunda capilla como dijimos olo conservamos la sacristía, consta de dos partes sacristía y antesacristía, ambas decoradas con bóvedas de crucería con claves con filaterías de madera, fue trazada por Pedro de Larrea, maestro de la orden de Alcántara, y hacia 1504-1505 trabajaron en ella Miguel de Gaybar y Juan de Álava.
En 1760 es nombrada patrona de la Universidad la Inmaculada Concepción, y es el momento en que comienza la historia de la tercera capilla, la capilla que hoy conocemos. El claustro universitario decide por este motivo, y quizá impulsado por la moda barroca del momento, rehacer la antigua capilla. Esta ocuparía el solar de la antigua y las obras las ralizaría uno de los arquitectos más afamados del momento, Simón Gabilán Tomé, que realiza el encargo compuesto por capilla, retablo y púlpito entre los años 1761 y 1767. Esta capilla es de planta de cajón y esta cubierta por bóveda de medio cañón con lunetos y claves doradas, se construyó a un nivel inferior a la antigua bóveda del zodiaco permitiendo así conservar esta última en un nivel superior, ocultándola y haciendola caer en el abandono. Las paredes se decorancon 25 paños de terciopelo rojo de Granada comprados en Valencia a 1728 y 1729 y que se decoran con fleco galones y el símbolo universitario de la tiara y la llave bordados en oro, posiblemente en 1767 cuando procedió a la reparación y limpieza de estos por un sastre llamado Martín, se le añadieran las cenefas y los cordones. A la derecha bajo un arco de medio punto se encuentra el cenotafio de Fray Luis de León, es obra de Nicasio Sevilla en 1869, esta elaborado en mármoles blanco y negro y se decora con un ánfora , un libro abierto y una lira en referencia a su ejército docente y poético. Sobre la entrada la tribuna conserva un órgano barroco de 1709 obra del organista de Felipe V, Pedro de Liborna Echevarría, realicado en madera policromada y marmoleada y decorado con las armas de la Universidad y motivos geométricos y vegetales. La pieza más importante de la capilla es el retablo. Este lo construye como ya dijimos Simón Gabilán Tomé bajo y lo revisa Franciso Moradillo. Se materializó en mármoles de diferente colores y procedencias como la Granja, León, portugal... y se decora con bronces sobredorados obra del escultor de la Real Fábrica de la Moneda Francisco García, que también realizo los atriles y barandilla del presbiterio, de los que destacan el central que representa al titular de la capilla san Jerónimo y los laterales que representan el escudo real de Felipe V y de la Universidad. El retablo se divide en tres calles y tres cuerpos. Destaca en el centro y a mayor tamaño el cuadro pintado en Roma por Francisco Caccianiga que representa el juramento que realizaron los claustrales en 1618 de defender el misterio de la Inmaculada Concepción cuando aún no se había considerado como dogma. Pero lo más interesante de este cuadro es que durante los oficios del Jueves Santo y del Corpus Christi mediante un sistema de poleas y maromas el cuadro desciende para descubrir una hornacina que contenía un tabernáculo de casi tres metros, perdido en la guerra de independencia y del que solo se conserva el exposito de ágata y plata, obra del platero salmantino Manuel García Crespo en 1756. Este último y teatral efecto muy del gusto barroco es un raro ejemplo qeue no abunda en la geografía española. Alos laterales de este lienzo otras dos pinturas del mismo autor que representana a dos ilustres alumnos de la Universidad, San Juan de Sahagún y Santo Tomás de Villanueva. En el cuerpo superior otras tres pinturas en este caso obra de Antonio González Ruiz, pintor de cámara de Fernando VI, que representan a Santo Tomás de Aquino y San Agustín en los laterales y un Calvario en el centro.Al exterior lo más destacable es la espadaña, que se ubica donde se encontraba el antiguo reloj de la capilla, también es barroca, de dos cuerpos y se decora con el símbolo universitario rodeado de sartas de flores y frutos y un reloj del siglo XIX.
Ya por último resaltar algunas de las piezas decorativas y mobiliarias tanto de la capilla como de la sacristía. Lo primero un lienzo de 1798 y obra de Gregorio Ferro situado a los pies en el lado izquierdo que representa al Santo Juan de Ribera, alumno de la Universidad y Arzobispo de valencia. Destacan también: la mesa, realizada entre lso siglos XVII y XVIII en un tablero de una sola pieza y que presenta una fina labra en sus decoraciones; los bancos, obra del siglo XVIII y de los cuales hay dos tipos, unos con el esdudo universitario y otros con el del Colegio del Arzobispo Anaya; los confesionarios, son de tipo trono o sitial y quizá realizados por el mismo autor de la capilla hacia 1765-1780 ya que presentan rasgos del estilo de este arquitecto, lo que también parece claro es que proceden de la capilla del Colegio del Arzobispo Anaya ya que que tienen el escudo de este en el respaldo al igual que los bancos; mencionar los hacheros también unos con escudo de Castilla y León realizados por la Universidad y otros con el escudo de Anaya con lo cual ya sabemos de donde provienen. En la sacristía se conserva poco ya que lo más importante está en el museo universitario: una cajonera de hacia 1670-1680 de gusto barroco acaso también obra de Simón Gabilán Tomé; un arca de hierro del siglo XV, y un escritorio o bargueño de estilo renacentista.
