La fachada universitaria es la obra cumbre del plateresco en España. Es curioso que dicha fachada se construyera hacia poniente pues la costumbre de la época era construirlas hacia naciente, pero quizá se proyectara de esta manera pues si estuviera dispuesta al oeste rivalizaría con la fachada de la catedral nueva, es decir con la iglesia. Sabemos que estaba concluida en 1529 pero desconocemos el autor puesto que faltan los Libros de Claustro entre 1513 y 1525. Sobre la autoría se han escrito múltiples teorías con diferentes autorías, unos apuntan al maestro francés Juan de Troyes, otros al maestro flamenco Edigio, también se ha mencionado a Juan de Álava que trabajó en la sacristía y en 1527 fue llamado a dictaminar sobre la librería. El hecho es que la fachada se despliega a modo de un rico estandarte suspendido hacia la calle libreros en el que la columna central simula el mástil y las dos basas pinjantes que sustentan las pilastras laterales simulan las borlas o colgaduras. Este esquema de fachada suspendida es muy típico de las fachadas renacentistas de la ciudad, lo veremos en más construcciones arquitectónicas quizá simulando o copiando a pequeña escala este esquema de la fachada universitaria de basas pinjantes sustentando pilastras o columnas sin que estas asienten en el suelo. La fachada se divide en tres cuerpos que a su vez se dividen en calles por pilastras y tras ella en el zaguán puede verse la antigua puerta gótica. En toda ella hay un horror vacui pues esta decorada con grutescos a modo de candelieri sin que quede ningún espacio vacío, el panel inferior derecho es una copia de un dibjo de Nicoletto de Módena, y la talla va creciendo en volumen desde las finas labores a modo de bordado de la parte inferior a esculturas de bulto en la parte superior para poder contemplar mejor las partes altas de lejos y para crear efectos de claroscuro. Desconocemos también el significado y el autor del programa iconográfico, aunque se piensa que fue el humanista cordobés Hernan Pérez de Oliva, inspirándose en los textos del Tratado de Arquitectura del italiano Antonio Averlino Filarete.
