Fundada en 1218 por el rey de León Alfonso IX al convertir las Escuelas Catedralicias en Estudio General, es una de las primeras universidades fundadas en Europa y la más antigua de España. Inicialmente las enseñanzas se realizaban en el claustro y capillas de la Catedral vieja, en la de Santa Bárbara se han realizado exámenes de grado hasta 1843, pero también se extendieron a conventos y casas particulares. En 1243 Alfonso X le otorga su reglamento, este rey es el primero que la denomina Universidad, y en algunas de sus palabras descubrimos porque se eligió salamanca como mejor lugar para el Estudio "de buen aire e fermosas salidas debe ser la villa do quieren establecer el Estudio, porque los maestros que muestran los saberes e los escolares que los aprenden vivan sano en él e puedan folgar e recibir placer en la tarde cuando se levanten cansados del estudio". El Papa Alejandro IV la denomina una de las cuatro lumbreras del mundo junto a Bolonia, París y Oxford. Los papas también le concedieron privilegios como la utilización de la tiara pontificia en el escudo, aunque también sometieron a la institución a su jurisdicción. Pedro de Luna, el futuro papa Benedicto XIII la dotó de constituciones. Durante los siglos XIII, XIV y XV aumentó su importancia y fama dentro y fuera de España en pare gracias a los favores de papas como Martín V y Benedicto XII y reyes como Juan II y Enrique IV, aunque fueron los Reyes Católicos los que contribuyeron decisivamente al auge de la Universidad. En 1569 se ampliaron sus cátedras de 10 a 60, y su número de estudiantes era de 7683 en una ciudad de 15000. Fue la primera universidad en tener una cátedra de música y biblioteca pública. A imitación de sus constituciones y privilegios se fundaron las universidades del nuevo mundo, Santo Domingo, Méjico y Lima. Por sus aulas han pasado algunas de las más ilustres pensadores, escritores y políticos.
