Al interior nada más entrar encontramos la antigua puerta gótica de entrada con arco de medio punto volteado con dovelones. Tras esta, en el zaguán gótico, podemos ver dos bóvedas estrelladas en cuyas claves centrales están el escudo de España y el de la universidad, y escenas de profetas, Daniel tocando el arpa... en el resto.
El claustro, por el que se accede a todas las dependencias del edificio se divide en dos cuerpos, el inferior con arcos de medio punto y el superior con los conocidos arcos salmantinos de contracurvas. En el centro un pozo y una sequolla cuyo esqueje trajo de Canadá el Embajador Onís. La distribución del edificio alrrededor de un claustro es la típica de los edificios académicos en Europa en aquella época, al igual que la de los monasterios, a los cuales nos recuerda quizá más este patio. Las crujías inferiores tienen techumbres mudéjares y bajo esta un friso en la pared con labores platerescas. En esta parte inferior se abren puertas bajas y angostas por las que se accede a los antiguos generales o aulas de las diferentes disciplinas académicas, sobre cada puerta una lápida de pizarra con inscripciones en latín realizadas por el Rector Pérez de Oliva nos revela la asignatura que se impartía encada una de ellas.
En esta crujía occidental nos encontramos con tres de estas aulas. El primer aula a mano derecha es la que correspondía a la Elocuencia, hoy llamada aula Dorado Montero en honor a este penalista profesor de esta Universidad. Le sigue el aula de Derecho Canónico, hoy llamada aula Miguel de Unamuno, en honor a uno de nuestros más ilustres rectores, presenta dos arcos diafragma de medio punto que sostienen tecumbre de madera. En el lado izquierdo de la crujía se encuentra el aula de Derecho Civil, hoy llamada Aula Francisco Salinas en honor al músico y catedrático coetáneo de Fray Luis de León, quién le dedico la famosa Oda a Salinas. Arquitectónicamente es similar al Aula Unamuno, pero en este caso llaman la atención las pinturas de hacia 1650 que representan a Ana de Austria, cuarta esposa de Felipe II, y Margarita de Austria, esposa de Felipe III. También encontramos tapices del siglo XVII tejidos en Bruselas y un armario atril del siglo XVI mandado realizar por el músico que da nombre al aula.
En la crujía norte encontramos el aula que mejor ha conservado el espíritu de la Universidad, pareace como si el tiempo se hubiera detenido en ella, Es el Aula Fray Luis de León. Antiguamente era el general de Teología, es una estancia austera, pobre, que conseva todo el mobiliario original. La preside una cátedra elevada con tornavoz desde la que se dictaban las lecciones, bajo esta el asiento para el repetidor, y a un lateral también en alto un estrado para los doctores. El resto del aula lo componen unas vigas de madera que servían de pupitre y asiento a los estudiantes y en derredor unos escaños peagados a la pared que servían para la asistencia a las clases de los doctores o invitados ilustres como Carlos V, que en una ocasión escucho una lección de Fray Francisco Vitoria. En este aula Fray Luis de León dijo al volver a su acividad docente tras pasar por la cárcel vallisoletana de la inquisición su célebre frase "como deciamos ayer". Arquitectónicamente este aula y la siguiente son similares al resto de aulas del edificio, arcos pantalla o diafragma que sostienen techumbres de madera. Hay que decir que todas las aulas del edificio llegaron igual que esta hasta finales del siglo XIX, momento en que se procedió a la reforma de las mismas. El siguiente Aula era la dedicada al Derecho Canónico que hoy es el paraninfo. En la cabecera se encuentra un dosel que cobija una bandera de terciopelo rojo con la tiara y llaves pontificias bordadas en oro, es el estandarte que regaló a los estudiantes el Principe Juan, primogénito de los Reyes católicos y señor de la ciudad. Las paredes se decoran con tapices del siglo XVII con representaciones mitológicas y que fueron adquiridos por la Universidad en la Feria de Mediana del Campo para decorar los muros del claustro en acontecimientos solemnes. También hay un cuadro que representa al Rey Carlos IV con traje de Coronel de laGuardia de Corps y Toisón de Oro, obra quizá de Francisco de Goya, o más probable una copia de este realizada por Agustín Esteve.
En la crujía oriental en el centro tenemos el antiguo zaguán de la puerta de las cadenas, se cubre con artesonado mudéjar de lazos de estrellas de 8 y 16 puntas policromados en tonos verdes, negros, blancos y rojos; bajo este un friso también mudéjar con lazos y decoración floral. En este zaguán estuvo la primera capilla que tubo el edificio universitario con advocación a San Gerónimo, en ella existió una inscripción que informaba del primer maestro del edificio Alonso Rodríguez Carpintero y los años de construcción de esta primera fase, 1415-1433. A los lados dos aulas, a la izquierda el General de Medicina, hoy aula Francisco de Vitoria en honor a este catedrático de teología del siglo XVI, fue reformada en 1862 y solo destacan las pilastras acanaladas y las columnas corintias. En el lado derecho está el Aula de Alfonso X que no presenta mucho interés por su sencillez. Le sigue el antiguo aula de Derecho Civil hoy conocida como aula de la columna por tener una el centro. Esta última sostiene una armadura decorada con estrellas de 8 puntas y canes y zócalo con paños germanos. También se conserva una grisalla de 1621 que muestra el túmulo de las honras fúnebres que al Universidad hizzo al rey Felipe III por defender el dogma de la Inmaculada Concepción. El resto de pinturas son una Inmaculada de 1892 copia de un Murillo y obra quizá de Federico Latorre y Rodrigo, y un retrato de Juan José de Austria del siglo XVII copia de un Carreño de Miranda. Sobre la puerta una escultura de San Juan Bautista que es el único testimonio conservado del antiguo retablo de la primera capilla universitaria obra de Felipe Bigarny.
Nos queda la última crujía, la sur. En ella está la antigua clase de Letras, se trata de una pequeña estancia decorada con un artesonado en la que se enseñaga árabe, hebreo caldeo y griego. En esta crujía también se encuentran la capilla y la escalera, de ellas hablaremos en siguientes post.
Originalmente el patio solo tenía doble planta en el ala de poniente, en 1879, como ya comenté anteriormente en otro post, el Rector Esperabé encarga al arquitecto Joaquín Secall levantar los tres lados restantes del claustro alto y en consecuencia dar una segunda altura a la fachada de la plaza de anaya.
